Спустя 200 лет со дня гибели лейтенанта Рипли военные учёные возвращают её к жизни путём клонирования. На космическом военно-исследовательском корабле «Аурига» под командованием генерала Мартина Переза и исследователей Джонатана Гадимена и Мэйсона Рэнда (который и задумал всё это дело) учёные извлекают из полученного клона эмбрион королевы Чужих. Клона Рипли решено оставить в живых. За короткий период времени Рипли (клон № 8) демонстрирует великолепную обучаемость и некоторые способности, возникшие из-за смешения генов при клонировании, в частности, кровь, обладающую свойствами кислоты, мгновенную реакцию и физическую силу.
Королева Чужих быстро развивается под контролем учёных и вскоре начинает откладывать яйца. К этому времени космические пираты, наёмники, под руководством Фрэнка Элджина, доставляют «груз» — захваченные анабиозные капсулы с пленниками-шахтёрами (при этом они сами не знают, для каких целей они их доставляют). Учёные используют их как носителей для эмбрионов Чужих. Наёмники задерживаются на военном корабле на пару дней для отдыха.
В это время из заражённых людей появляются особи Чужих-трутней. Анали Колл из пиратской команды проникает в камеру Рипли, заявляя о своей цели — уничтожить Рипли и королеву, но обнаруживает, что королевы в ней уже нет. Военные обнаруживают её деятельность, объявляя Колл террористкой. Происходит вооружённое столкновение между пиратами и военными, пираты одерживают победу, захватывая солдата Ди Стефано и доктора Рэнда.
В то же время Чужие в одной из клеток находят способ выбраться на свободу.